Pîrî Reis gibi büyük bir isim idam edilecekse eğer, suçunun ve idam gerekçesinin gayet net olmasını bekleyebilirsiniz; ancak durum böyle değil. Pîrî Reis ile aynı dönemde yaşayan ve olayı kayda alan isimlerden biri olan, dönemin vakanüvisi Koca Nişancı Celâlzade Mustafa Çelebi, “Hürmüz’ün kâfirleri adı geçen kaptana sayılamayacak kadar çok, uçsuz bucaksız servet verdiler. Bu reis, altın, elmas ve kıymetli mallara doymazlık ederek, sözde bir nedenle Hürmüz kuşatmasını kaldırıp, devletin gemilerini Basra yakınlarına getirip...” satırlarıyla açıklıyor Pîrî Reis’in idamlık suçunu. Osmanlı tarihi boyunca yazılan belgelerin Pîrî Reis’e yüklediği kabahatler arasında donanmasını savaş alanında terk etmek, emre itaatsizlik, görevde başarısızlık ve Müslüman kentlerini yağmalamak da yer alıyor. Ancak konudan bahseden ve Pîrî Reis’in çağdaşı olan yazarlar, idamı genellikle nedenlerine girmeden aktarıyor. Osmanlı’nın güney denizlerindeki siyasi ve askeri varlığına dair en kapsamlı araştırmaları yürüten isimlerden biri olan Prof.Dr. Cengiz Orhonlu’ya göre söz konusu yazarların “tutumları, vicahen yargılanmadan idam edilen Pîrî Reis hakkında uygulanan kararı ağır buldukları izlenimi veriyor.”