Burada yeniden kendine bir örgüt kurdu. Aynı zamanda büyük devrimcilerden biri olan Che Guevera ile tanışarak yakın bir dostluk kurdu. Zamanla halkında büyük desteğini kazanan Castro, 1 Ocak 1959 yılında Flugencio Batista rejimini devirdi. Kendisini yeni Küba ülkesinin lideri ilan etti. İlk işi toprak reformu yapmak oldu. Bu karar özellikle ABD tarafından büyük tepkiyle karşılandı. 31 Ocak 1961 yılında Amerika Birleşik Devletleri Küba'ya amborgo koydu. Ticaretinin büyük bir kısmını şeker ticaretinden kazanan bu ülke ürünlerini dönemin bir diğer önemli aktörü Sovyetler Birliği'ne satmaya başladı.
Bunun üzerine ABD, Castro'yu iktidardan indirmek için Küba'yı deniz ablukasına alarak Domuzlar Körfezi Çıkarması'nı başlattı. Bu olay Amerika ve Sovyet Rusya arasında neredeyse bir nükleer savaşa sebep oluyordu.
Gerilim ablukanın kaldırılmasıyla son buldu. Fakat CIA tarafından Fidel Castro'ya yönelik yüzlerce suikast girişiminde bulunuldu. Ancak hepsinde de başarısız olundu. Fidel Castro Küba'yı yarım asır boyunca yönettti. Sağlık sorunlarının artmasının ardından, görevi 2008 yılında en çok güvendiği isme, kardeşi Raul Castro'ya devretti.
Raul Castro'nun liderliğinde Küba'da çok sayıda değişim yaşandı. Bunlardan en büyüğü, 50 yıl sonra Amerika Birleşik Devletleri ile diplomatik ilişkilerin başlatılması oldu.
Castro küçük bir Karayip ülkesi olan Küba'yı tüm dünyada potansiyel bir sembole dönüştürmüştü.
Fidel Castro 2016 yılında 90 yaşında hayatını kaybetti.