Göl suyunun koruma-kullanımı için 'Su Verimliliği Birimi' kurulmalıdır.
Göl havzasında sadece elma üretiminde mevsim koşullarına göre, her yıl 15-30 kez ilaçlama yapılmakta olduğu ve elma için her yıl 40-50 bin ton sentetik gübre, 650- 1000 ton pestisit içeren tarım ilacı kullanıldığı ve ilaç maliyetinin yüzde 48,37'sinin aşırı kullanım olduğu belirtilmektedir. Göl çevresinde su ve toprakta ağır metal birikimine neden olan diğer bir önemli etken de herbisit adı verilen yabancı ot-bitki öldürücüsü kullanımının yaygın olmasıdır. Göle ulaşan çok sayıdaki dere ve çayın, geçtikleri yerleşim alanlarının kanalizasyon atıklarından, sanayi tesislerinden ve tarım alanlarından taşıdığı kirlilikle ve çevresindeki atıkları yağmur sularıyla, taşkınlarla, drenajla göle taşınması sonucunda, su, toprak, hava aşırı oranda kirlenmektedir. Zirai mücadele ilaçları ve kimyasal gübrelerin tehdidi altındaki Eğirdir Gölü'nde kısa zamanda radikal kararlar alınmazsa göl suyunun içme suyu olarak kullanımı imkansız hale geleceği gibi çeşitli çok ciddi hastalıklara neden olabileceği bildirilmektedir.
Gölde ve kıyı kesimlerde (kuzey kesim) kirlilikten kaynaklanan metan gazı çıkışları giderek artmakta. Bugüne kadar gölün kirliliği ile ilgili dip çamuru temizliği ve kimyasal kullanımında sınırlama ile ilgili somut adımlar atılmamıştır. Gölde öncelikli yatırım balıklandırma değil, gölün temizlenmesi ve kirletilmemesi olmalıdır. Göle yabancı balık türlerinin bırakılması engellenmelidir.
Yerel göl komisyonları kurulmalı ve Eğirdir Gölü koruma-kullanma yasaları uygulanmalıdır. Göl ile ilgili 40 yılı aşkın süredir var olan ve zaman zaman revize edilen koruma, yasak ve yönetmelikler uygulanmalıdır. Buna bağlı olarak, göl ve kıyı ekosisteminin korunmasının, kıyı ile sahil şeridine yapılacak planlamanın ilk adımı; kıyı kenar çizgisinin, doğal ve bilimsel verilere uygun biçimde saptanmasıdır. 2012 yılında çıkarılan Eğirdir Gölü Özel Hükümleri, koruma hükümlerinin uygulanmaması ve gerekse Eğirdir Gölü'nün su kodunun düşürülmesiyle aşırı su alınması, koruma alanlarının değişmesi, o zaman da belirtiğimiz gibi gölün bugüne gelişinin nedenidir. Yeni bir kod düşürülmesi amaçlı özel hükümler hazırlanmamalıdır. O zaman gölün daha çabuk kurumasına neden olunur.
Eğirdir Gölü'nü kirleten, kirletilmesine göz yuman, kişi kurum ve kuruluşlar hakkında yürütülecek işlemlerin hem bakanlık ve taşra teşkilatları ve hem de valilikler nezdinde yerel koruma ekiplerinin kurulması- çalışması sağlanmalıdır.