GENEL BAŞKANLIKTAN İSTİFA
Seçim sonucu nedeniyle 22 Nisan 1999'da istifa eden Baykal, 30 Eylül 2000'de Ankara'da toplanan CHP 11. Olağanüstü Kurultayı'nda yeniden seçilerek CHP Genel Başkanı oldu.
CHP, 3 Kasım 2002 genel seçimlerinde yüzde 19,4 oyla 177 milletvekili kazandı. Deniz Baykal da yeniden Antalya milletvekili seçildi. Baykal, 22. Dönem'de ana muhalefet partisi genel başkanı olarak görev yaptı. 2003 Ekim ayında 30. Kurultay'da tekrar genel başkanlığa seçildi.
Baykal, 29 Ocak 2005'te yapılan CHP Olağanüstü Kurultayı'nda, rakibi Mustafa Sarıgül'ü yenerek genel başkanlık görevine devam etti. Aynı yıl 19-20 Kasım'da toplanan 31. Olağan Kurultay'da tekrar genel başkanlığa seçildi.
CHP, 22 Temmuz 2007'de yapılan genel seçimlerde yüzde 20,8 oy alırken, Deniz Baykal 26 Nisan 2008'de yapılan CHP 32. Olağan Kurultayı'nda 1231 delegeden 1021'inin oyunu alarak yeniden genel başkan seçildi.
Baykal, kesintilerle 15 yıl 8 ay süren genel başkanlık görevinden, 10 Mayıs 2010'da gündeme gelen gizli kamera görüntüleri nedeniyle istifa etti.
Baykal'ın özel hayatına ilişkin görüntülerin internette yayımlanmasıyla ilgili Fetullahçı Terör Örgütü elebaşı Fetullah Gülen'in de aralarında bulunduğu sanıklar hakkında dava açıldı.
Davada, FETÖ elebaşı Gülen'in aralarında bulunduğu firari sanıkların dosyası ayrılırken, diğer sanıklar 6 yıl 3 ay ile 92 yıl 10 ay arasında hapisle cezalandırıldı.
İstifası sonrası Antalya milletvekili olarak siyasi yaşamını sürdüren Baykal, hem partisi hem de ülke meseleleriyle ilgili gelişmelerde yaptığı açıklamalarla her zaman gündemde kalmayı sürdürdü.