2015'te Amerikan Federal Araştırma Bürosu'nun (FBI), FIFA yöneticilerine yönelik soruşturmasının ardından FIFA'da taşlar yerinden oynadı. Blatter'la birlikte bazı yöneticiler gözlem altına alındı. Bazı yöneticiler gözaltına alınırken, Sepp Blatter hakkında şimdiye kadar ceza soruşturması açılmadı. Ancak yeniden seçildiği FIFA başkanlığından, gelen tepkiler üzerine istifa etmek zorunda kalan Sepp Blatter hakkında İsviçre Başsavcılığı soruşturma açtı.
Öğlen saatlerinde düzenlenmesi planlanan basın toplantısı açıklama yapılmadan iptal edilen Blatter, ceza soruşturması kapsamında sorgulandı, evi arandı, ofisindeki bazı evraklara ise el konuldu.
Soruşturmanın 2005'te Karayipler Futbol Federasyonu Başkanı Jack Warner'la yapılan televizyon naklen yayın ihalesinde görevini kötüye kullandığı gerekçesiyle açıldığı duyurulurken, İsviçre Başsavcılığı, "FIFA Başkanı, Joseph Blatter hakkında görevi kötüye kullanmaktan şüphesiyle 24 Eyül 2015'te soruşturma açılmıştır. Başsavcılık, 12 Eylül 2005'te Karayipler Futbol Federasyonu (O zaman ki başkan Jack Warner'dı) ile imzalanan anlaşmada görevi kötüye kullanmaktan şüphelenmekte ve FIFA'yı zarara uğrattığına inanmaktadır" denildi.
İsviçre Başsavcılığının açıklamasında Sepp Blatter'in UEFA Başkanı ve yeni FIFA başkanlığı seçiminde başkanlığa aday koyan Michel Platiniye de 2011'de haksız bir şekilde 2 milyon Dolar ödediği iddisı da bulunuyor.
FIFA'DAN AÇIKLAMA
FIFA konuyla ilgili olarak açıklama yaparken, "27 Maysı 2015 tarihinde beri İsviçre Başsavcılığı ile FIFA arasındaki görüşmeler devam etmektedir. Başsavcılık tarafından talep edilen veriler temin edilmektedir, bu işbirliğine devam edilecekter. Bugün FIFA merkezine gelen yetkililer bazı görüşmeler yaptı ve soruşturmayla ilgili evrakları aldılar. FIFA, bu görüşmeleri devam eden işbirliğinin parçası olarak sürdürecektir. Konuyla ilgili daha fazla açıklama yapılmayacaktır" denildi.