Altun, Twitter hesabından yaptığı paylaşımda, KKTC Din İşleri Başkanlığının Kuran-ı Kerim eğitim-öğretimiyle ilgili yetkisine ilişkin itirazı değerlendiren Anayasa Mahkemesi kararını değerlendirdi.
Fahrettin Altun, değerlendirmesinde şunları kaydetti:
"Karar, ideolojik ve dogmatik bir aklın ürünüdür. Laikliği bu denli sığ ve yanlış bir şekilde yorumlamak temel hak ve özgürlükleri ortadan kaldırmaya yönelik bir adımdır. Laiklik, din özgürlüğünü teminat altına alır, din eğitimini yasaklama aracı olarak kullanılamaz. Ancak jakobenler, laikliği dini değerleri ve kültürel zenginliklerimizi baskılamak için kullanırlar.
Akdeniz'in ve özellikle Kıbrıs sorununun, Türkiye'nin ortaya koyduğu güçlü iradeyle uluslararası alanda daha hakkaniyetli bir şekilde tartışmaya açıldığı böylesi kritik bir dönemde alınan bu yanlış karar Kıbrıs Türkleri'nin varlığına ve birliğine yönelik bir tehdittir.
Demokrasinin teminat altına aldığı din ve inanç özgürlüğüne vurulan bu yargı darbesi asla kabul edilemez. Bu kararın zamanlaması manidardır. Hangi amaca hizmet ettiği akıllarda ciddi şüpheler uyandıran bu karara tepki göstermek demokrasiye saygı duyan herkesin görevidir.
Türkiye Cumhuriyeti Devleti, tüm gücü ve kudretiyle Kıbrıs Türkleri'nin yanında olmaya devam edecek, tarihinden aldığı ilhamla Kıbrıs Türkleri üzerinde oynanan bu tehlikeli oyunu yine Kıbrıs Türkleriyle el ele vererek bozacaktır."